Грибковые названия ⇐ Васина Википедия

[wiki_en]

«Fungal Names» («FN») является одним из трех международно признанных хранилищ для регистрации названий грибов, наряду с Index Fungorum и MycoBank. Он находится в ведении Государственной ключевой лаборатории микологии Института микробиологии Китайской академии наук. Платформа была запущена в 2011 году, в 2012 году была признана Номенклатурным комитетом грибов (NCF) и ратифицирована Международной микологической ассоциацией в качестве официального регистрационного хранилища. В соответствии с Международным кодексом номенклатуры водорослей, грибов и растений | Международный кодекс номенклатуры, новые названия грибов, опубликованные 1 января 2013 года или после этой даты, а также лектотип|лекто-, неотип|нео- или эпитип|эпитипификации 1 января 2019 года или после этой даты, должны ссылаться на идентификатор, выданный одним из признанных репозиториев; FN выдает такие идентификаторы и синхронизирует регистрации с другими репозиториями. По состоянию на начало 2022 года FN проиндексировал более 567 000 названий таксонов и 147 000 типов (биологических)|типовых записей и объединяет ссылки на образцы, коллекции культур и гербарии|гербарии/фунгарии, публикации и систематиков.

==История==

Создание FN последовало за давно признанными проблемами в грибной номенклатуре, где историческая литература и базы данных содержат синоним (таксономию)|синонимию, омоним (биология)|омонимию, изоним|изонимия, орфографические варианты и неправильно использованные имена, которые препятствуют однозначному использованию. В соответствии с главой F Международного кодекса номенклатуры водорослей, грибов и растений | Кодекс, ст. F.5 требует, чтобы номенклатурные новинки, опубликованные 1 января 2013 г. или после этой даты, ссылались на идентификатор, выданный признанным репозиторием, а с 1 января 2019 г. применяется такое же требование регистрации к лектотипификациям, неотипификациям и эпитипификациям. Fungal Names, Index Fungorum и MycoBank. FN была основана в сентябре 2011 года, а в декабре 2012 года была признана одним из трех глобальных регистрационных хранилищ вместе с Index Fungorum и MycoBank. Идентификаторы уникальны и взаимно принимаются всеми тремя системами; на момент публикации (2023 г.) FN распределял номера в диапазоне 570000–579999, а репозитории обменивались обновлениями через интерфейсы прикладного программирования по регулярному графику. name="MycoBank 2013"/>

==Объем и цель==

FN служит одновременно платформой регистрации номенклатурных новинок (новые таксоны, новые комбинации, замещающие названия и названия в новом таксономическом ранге|рангах) и базой знаний, которая объединяет номенклатуру с информацией о типах, агентствах по сохранению, культурных коллекциях, гербариях/фунгариях, публикациях и исследователях, публикующих названия грибов. Путем стандартизации названий и перекрестных ссылок на внешние ресурсы (включая Index Fungorum, MycoBank и Национальный центр биотехнологической информации | Таксономия NCBI) FN стремится уменьшить несогласованность, предотвратить омонимию в момент регистрации и облегчить надежный обмен и поиск данных по ресурсам биоразнообразия грибов.

==Функции и возможности==

Рабочий процесс регистрации выдает идентификатор сразу после подачи, за которым следует проверка администратором (обычно в течение 24 часов). Если запрошена доработка и в течение установленного периода не получен ответ, заранее выданный идентификатор может быть отозван. Во время подачи система нормализует ввод, предлагая контролируемые варианты имен авторов, агентств по сохранению и стран сбора, а также сверяет предложенное название со стандартизированной ссылкой на существующие названия грибов, чтобы избежать создания омонимов. В дополнение к 27 основным и второстепенным рангам, используемым в таксономии грибов, FN включает «другой ранг», чтобы отразить исключительные или переходные варианты использования, предложенные в литературе.

Функции поиска и отображения позволяют выполнять запросы по рангу (от внутривидовых таксонов до более высоких категорий), ботаническому названию | эпитету, году публикации и регистрационному идентификатору; страницы автора, журнала и агентства по хранению документов связаны между собой. Они показывают таксономию, типизацию, библиографию и перекрестные ссылки на другие репозитории, если они доступны. FN также предоставляет инструмент выравнивания последовательностей внутреннего транскрибируемого спейсера (ITS) (с использованием данных штрих-кодирования ДНК#UNITE|UNITE) для предварительной идентификации образцов, возврата выравниваний|выравниваний последовательностей, простого филогенетического дерева|деревовидного представления и ссылок на соответствующие записи в FN и NCBI. Инструмент стандартизации имен реализует принцип «один гриб, одно имя», разрешая орфографические ошибки и варианты использования текущего имени; опция приблизительного сопоставления строк | нечеткий поиск перечисляет имена с одинаковым написанием и процентами идентичности, чтобы помочь пользователям найти правильную запись, когда ввод неверен.

==Содержимое и обработка данных==

FN включает более 567 000 названий таксонов, охватывающих грибы «sensu lato» (включая ископаемые грибы и исторические грибоподобные таксоны), с более чем 149 000 текущих названий видового уровня. Он хранит более 120 000 записей о научных коллекциях типовых образцов и несколько тысяч записей типовых иллюстраций, а также объединяет более 10 000 журналов и книг по микологии, в которых опубликованы названия грибов. Система также поддерживает набор данных об авторах, охватывающий более 25 000 систематиков и около 750 000 пар авторов и имен, полученных на основе опубликованных записей. Недавно выпущенные названия и обновления обмениваются между тремя признанными репозиториями ежемесячно, включая номенклатурные изменения, типы, классификацию и новые регистрации.

Для обеспечения единообразного поиска исторические обозначения рангов (более ста терминов) реклассифицируются до четырнадцати стандартных основных и второстепенных рангов; записи очищаются, проверяются и связываются с Index Fungorum, MycoBank и таксономией NCBI. Данные типизации (голотипы, лектотипы, эпитипы и неотипы) сопоставляются с биорепозиториями|биорепозиториями, а сокращения для коллекций культур и гербариев/грибов нормализуются в соответствии с государственными стандартами. FN связывает типовые штаммы с Глобальным каталогом микроорганизмов, где доступны номера, и объединяет наборы данных, охватывающие сотни коллекций культур и несколько тысяч гербариев и грибов по всему миру.

==Статистика и использование==

База данных предоставляет оперативную информационную панель с подсчетом имен, типификаций, систематиков, публикаций и агентств по сохранению, а также географические сводки. Исторические тенденции указывают на медленный рост числа опубликованных названий вплоть до конца девятнадцатого века, выраженный рост с 1870-х годов до конца века, затишье в середине двадцатого века и возобновление ускорения с конца двадцатого века, связанное с молекулярной филогенетикой | молекулярными методами и штрих-кодированием ДНК. По состоянию на начало 2022 года информация о типизации была доступна примерно для 147 000 наименований, включая более 120 000 коллекционных записей образцов и тысячи типовых иллюстраций; большинство используемых в настоящее время родов имели обозначенные типовые виды, а значительная часть нынешних названий на уровне видов имела индексированные типы с сохранением деталей агентства. Крупнейшие запасы материалов грибного типа сосредоточены в небольшом количестве коллекций культур и гербариев/фунгариев в Европе, Азии, Океании, Африке и Северной Америке, что отражает глобальное распространение тщательно отобранных микологических ресурсов.

==Доступ и доступность==

FN имеет бесплатный доступ для академического использования через общедоступный веб-сайт и предоставляет API для программного обмена данными. Репозитории координируют свои действия для регулярного обмена новыми регистрациями и обновлениями, гарантируя, что идентификаторы и события типизации доступны для обнаружения на разных платформах, а последующие базы данных могут согласованно разрешать имена.






Базы данных по микологии
Онлайн-базы данных таксономии

Подробнее: https://en.wikipedia.org/wiki/Fungal_Names