Скулдвирусиды ⇐ Васина Википедия

[wiki_de]

'''''Skuldviridae''''' является одним из По состоянию на 8 марта 2024 года семейство (биология)|семейство '''''Skuldviridae''''' также монотипически включает только один род (биология)|род (вид) '''''Delusorvirus'''' ' .

Все представители Atroposvirales и Skuldviridae были идентифицированы методом метагеномики (по состоянию на март 2023 г.).
Их предполагаемые хозяева принадлежат к классу Lokiarchaeota|Lokiarchaeia в составе Asgardarchaeota; это классифицирует их нетаксономически как вирусы Асгарда среди архейных вирусов.

== Описание ==
На сегодняшний день (по состоянию на октябрь 2021 г.) не выделено вирусов, заражающих представителей Asgardarchaeota.
Причина этого в основном связана с трудностями культивирования хозяев Asgardarchaeota.
Таким образом, все ранее официально признанные вирусы Асгарда были идентифицированы с помощью метагеномики. Однако по состоянию на октябрь 2021 года существовало три группы вирусов, которые были обнаружены с помощью метагеномики в образцах глубоководных отложений и отнесены к хозяевам Asgardarchaeota, включая Skuldviridae (Skuldviruses,
Таким образом, считается, что скулдвирусы принадлежат к новому порядку вирусов внутри этих «Tectiliviricetes», среди других порядков, включая два с бактериальными хозяевами (бактериофаги: «Vinavirales» с семейством «Corticoviridae» и «Kalamavirales» с семейством «Corticoviridae» и «Kalamavirales» с семейством «Tectiviridae»), один с архейными хозяевами (архейные вирусы: «Belfryvirales» с семейством «Turriviridae») и один с эукариотными хозяевами («Rowavirales» с семейством «Adenoviridae»). ) .

=== Хосты ===
Предполагается, что вирусы рода Delusorvirus инфицируют архей класса Lokiarchaeota|Lokiarchaeia (Asgardarchaeota) как вирусы Асгарда.
Это родственный класс Heimdallarchaeota|Heimdallarchaeia, который в большинстве филогенетических анализов образует сестринскую кладу эукариот. клеточные организмы) все настоящие многоклеточные организмы, включая грибы, растения и животных, включая человека. Вирусы этой группы представляют особый интерес с точки зрения эволюции (ср. гипотезу вирусного эукариогенеза).

=== Местоположение и среда обитания ===
В 2022 году София Медведева «и др.» опубликовала метагеномное исследование, в котором идентифицировала 20 контиг#MAGs|MAGs Asgardarchaeota из образцов отложений глубоководного бассейна у полуострова Симокита (Япония).Участок C9001, глубина воды 1180 метров | м, глубина отложений 0,91–363,3 м ниже морского дна.

Вместе с архей эДНК (экологическая ДНК,
SkuldV1 также был связан с MAG Asgardarchaeota из 21. Образец бескислородных отложений из Грабена Хикуранги (также называемого желобом Хикуранги), взятый в апреле 2018 года обнаружен у Северного острова (Новая Зеландия)|Северного острова Новой Зеландии.

SkuldV3 взят из исходных наборов данных исследования Медведевой «и др.» (2022).
SkuldV3 первоначально был идентифицирован в подводных отложениях окраины Каскадии (Программа океанского бурения, Зона 1244).
SkuldV1 и SkuldV3 были собраны в виде кольцевых контигов и, следовательно, соответствуют полным геномам вируса.

Среды обитания вирусов черепа соответствуют местам их предполагаемых хозяев Lokiarchaeota|Lokiarchaeia: Список глубоководных желобов|Глубоководных желобов, которые, как доказано, находятся в Тихом океане (но, возможно, во всех океанах, где встречаются Lokiarchaeia).

===Геном и протеом ===
Подобно другим представителям Царства (Вирусология)|Генетический код Царства «Вариднавирия»|Вирусы Скульда кодируют капсид#Капсомер|Основной капсидный белок (MCP) со сворачиванием белка|Тип сворачивания Происхождение вирусов#Вариднавирия|Двойное желе- Roll (DJR), а также для предполагаемых упаковывающих геном АТФаз семейства белков семейства|суперсемейства FtsK-HerA, которые, однако, отличаются от терминаз представителей области «дуплоднавирии» и поэтому не имеют к ним прямого отношения. < br /> Впервые это было обнаружено после того, как contig#MAGs|MAG SkuldV1 был собран из бескислородных отложений зоны субдукции Хикуранги.
Поиск последовательности с помощью MCP SkuldV1 привел к идентификации SkuldV2 и SkuldV3.

Помимо DJR MCP, подавляющее большинство Varidnaviria кодируют АТФазы упаковки генома суперсемейства FtsK-HerA; Гомолог такой АТФазы был идентифицирован во всех трех геномах SkuldV, что показывает, что они действительно являются членами этого царства.
Дальнейшие сравнения показали, что вирусы скулда наиболее тесно связаны с вирусами семейств «Corticoviridae», «Turriviridae», «Turriviridae», «Tectiviridae» (все классы «Tectiliviricetes» Тип «Preplasmiviricota») родственны.
Структурное сравнение с использованием предсказанной модели MCP SkuldV1 также показало, что она наиболее похожа на MCP эукариотического фага PM2|фага PM2 Pseudoalteromonas («Corticoviridae»).
Было выявлено значительно более низкое согласие с также эукариотическим вирусом Pyramimonas orientalis (вид Heliosvirus raunefjordenense, семейство Allomimiviridae, ранее Phycodnaviridae) из класса Megaviricetes сестринского типа. Нуклеоцитовирикота''.

Подавляющее большинство белков Skuldvirus не имеют сходства с белками, кодируемыми другими известными вирусами.
Кластерный анализ | сетевой анализ показал, что MCP Skuldvirus образуют собственный кластер, отдельный от других групп MCP DJR, известных в то время, что подтверждает таксономическую классификацию в их собственный отряд («Atroposvirales»).
Из-за примерно 87% сходства последовательностей между SkuldV1 и SkuldV3 эти два вируса были классифицированы как два отдельных вида одного и того же рода.

== Систематика ==
Систематика отряда Skuldviridae отряда Atroposvirales соответствует данным
Отряд (Биология)|Отряд '''''Atroposvirales'''''
* Семейство (биология)|Семейство '''''Skuldviridae'''''
** Род (биологический)|Род '''''Delusorvirus'''''
*** Виды (Биология)|Виды Delusorvirus Cascadiense
**** Штамм (биология)#Штаммы вируса|Штамм вируса Lokiarchaeia SkuldV3, длина генома 11 372 пары оснований|bp *** Вид Delusorvirus hikurangiense
**** Штамм вируса локиархеи SkuldV1, длина генома 11 290 п.о.
– Местоположение: желоб Хикуранги у Северного острова (Новая Зеландия)|Северный остров Новой Зеландии, 21. Апрель 2018 г.
*** Вид «Lokiarchaeiavirus SkuldV2», длина генома 11 871 п.н. (неполный)Около 100 кодонов (300 п.н.) гена MCP отсутствуют.< ref name= "Medvedeva2022"/>
–Местоположение: отложения под морским дном (
== Этимология ==
Название отряда Atroposvirales отсылает к Атропос, древнейшей из трёх Мойриан, богинь судьбы греческой мифологии — они соответствуют Норнам скандинавской мифологии; Концовка '
* Название семейства Skuldviridae происходит от вирусов Lokiarchaeia (Skuldviruses: SkuldV1, SkuldV3, ...); Концовка ' *: Скульд (ср. de 'вина') - одна из трех Норн (богинь судьбы) в скандинавской мифологии, наряду с Верданди (также Верданди) и Вурдом|Вирдом (также Вурдом, ср. Урд|Урдр).
** Название рода Delusorvirus происходит от *** Видовой эпитет «cascadiense» представляет собой латинизированный родительный падеж со значением «из Cascadia [Margin]» или «принадлежащий Cascadia [Margin]», что указывает на местонахождение эталонного штамма SkuldV3.
*** Видовой эпитет «hikurangiense» аналогично латинизированному родительному падежу со значением «Хикуранги» или «принадлежащий Хикуранги», что указывает на местонахождение эталонного штамма SkuldV1.

== Примечания ==


Желоб Хикуранги, также известный как желоб Хикуранги, — это глубоководный желоб на дне Тихого океана у восточного побережья Северного острова Новой Зеландии, лежащий между южной оконечностью пролива Кука и возвышенностью Чатем. Это южное продолжение гораздо более глубокого желоба Кермадек, расположенное в зоне субдукции окраины Хикуранги. См. также распад Гондваны и Зеландии.





София Медведева, Цзяруй Сан, Наталья Ютин, Евгений В. Кунин, Такуро Нунура, Кристиан Ринке, Март Крупович: [https://ictv.global/ictv/proposals/2022 ... les_no.zip Создайте один новый заказ, ''' Atroposvirales» и два новых семейства «Verdandiviridae» и «Skuldviridae» для классификации вирусов Asgardarchaeota] (zip:docx). Предложение 2022.002А в ICTV (принято), октябрь 2021 г. (

Международный комитет по таксономии вирусов|ICTV: [https://ictv.global/taxonomy/taxondetai ... posvirales Порядок: ''Atroposvirales'']. Выпуск 2022 г., MSL #38.


Международный комитет по таксономии вирусов|ICTV: [https://ictv.global/taxonomy Taxonomy Browser].


Национальный центр биотехнологической информации | Браузер таксономии NCBI: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/B ... e=3&unlock Atroposvirales].< бр />

Национальный центр биотехнологической информации | Нуклеотиды NCBI: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/2243215601 LC711076]. ДНК вируса асгардной археи SkuldV2, полный геном.


[https://www.mtu.uni-bremen.de/cascadia- ... argin.html Бассейн и окраина Каскадия]. В теме: Морская геофизика: сейсмоакустические исследования и исследования. Бременский университет, факультет морских технологий/экологических исследований: Гео Бремен (mtu.uni-bremen.de).



София Медведева, Джиаруй Сан, Наталья Ютин, Юджин В. Кунин, Такуро Нунура, Кристиан Ринке, Март Крупович: «Три семейства архейных вирусов Асгарда идентифицированы в геномах, собранных с помощью метагенома». В: «Природная микробиология», Том. 7, № 7, июль 2022 г., стр. 962-973; doi:10.1038/s41564-022-01144-6, PMID 35760839, Hyper Articles en Ligne|HAL-Pasteur:[https://pasteur.hal.science/pasteur-03711350/document 03711350], Epub, 27 июня 2022 г. (

Томас Аларкон-Шумахер, Сюзанна Эрдманн: «Кладбище архейных вирусов Асгарда». В: «Природная микробиология». Том 7, 27 июня 2022 г., стр. 931–932; doi: 10.1038/s41564-022-01148-2. Дазу:
* Николетта Ланезе: [https://www.sciencealert.com/these-newl ... e-on-earth Эти недавно обнаруженные вирусы


Категория:Семейство вирусов
Категория:Бактериофаг

Подробнее: https://de.wikipedia.org/wiki/Skuldviridae