Мобильная версияМикрогеноматия ⇐ Васина Википедия
-
Автор темыwiki_de
- Всего сообщений: 56055
- Зарегистрирован: 13.01.2023
Микрогеноматия
''Candidatus (биология)|Candidatus'' '''Microgenomatia''' представляет собой класс (биология)|класс бактерий типа (отдел (биология)|отдел) Minisyncoccota (ранее называвшегося ''Candidatus (биология)|Ca.'' Patescibacteriota или группы CPR).
== Описание ==
=== Сегодняшний класс «Ca. Microgenomatia» первоначально назывался типом «Microgenomates» или
=== В 2020 году Виталий Кадников «и др.» сообщили о штамме Microgenomatia Ch65 (Contig#MAGs|MAG), который они секвенировали с помощью метагеномики. По предложению этих авторов, Ch65 служит эталоном для нового вида-кандидата «''Ca.'' Chazhemtobacterium aquaticus» [LPSN: «''Ca.'' Chazhemtonibacterium aquaticus»], типового вида также нового семейства «Ca. Chazhemtonibacteriaceae», с сестринским семейством GTDB семейства f__UBA12108 [»''Ca.'' Collierbacteraceae»]; оба в порядке GTDB o__UBA1400.
Хотя бактерии Ch65 невозможно культивировать, они также являются водными, поскольку их ДНК происходит из подземного термального водоносного горизонта (~20°C|°C,Температура воды была ниже, чем ожидалось, при типичном температурном градиенте около 20°C/километр|км, но вода могла остыть по мере прохождения через скважину. pH значение|pH 7,43–7,60) в нефтедобывающей скважине 5П глубиной 2,8 км у села Чажемто[https://mapcarta.com/de/15362434 Чажемто]. Включено: Мапкарта (
Геном Ch65 имеет длину 801 504 пары оснований, содержит 838 белково-генетических кодирующих генов и имеет содержание G+C 44,80%. Он имеет весьма необычный нуклеотидный состав: одна цепь по всей длине имеет высокое содержание цитозина по сравнению с гуанином. Это говорит о том, что большая часть бактериальной хромосомы Ch65 реплицируется в одном направлении. Однако такая асимметрия в нуклеотидном составе наблюдалась и в семействах GTDB f__UBA12108 ["''Ca.'' Collierbacteraceae] и f__CG1-02-47-37 ['''Ca.'' Beckwithbacteraceae'] (оба также в порядке GTDB o__UBA1400 ['''Ca.'' Chazhemtobacteriales"]).
Анализ генома показал, что бактерия Ch65, вероятно, имеет палочковидную и подвижную форму. Он ведет анаэробный образ жизни, т. е. является облигатным органотрофом с ферментативным метаболизмом, благодаря чему может продуцировать ацетат и лактат.
Однако у него нет ни дыхательной цепи, ни полных метаболических путей биосинтеза жирных кислот/липидов, аминокислот и нуклеотидов.
Гликолиз | Путь гликолиза Эмбдена-Мейергофа и пентозофосфатный путь # Восстановительный пентозофосфатный путь | неокислительный пентозофосфатный путь в значительной степени завершены, но гены глюкокиназы (GCK), фосфофруктокиназы 1 | 6-фосфофруктокиназы (PFK1) и трансальдолазы (TAL) не были обнаружены.
У бактерии Ch65 отсутствуют секретируемые гликозидазы|гликозидгидролазы и обычные транспортеры (мембранный белок)|транспортеры для импорта сахаров и аминокислот.
Метаболические свойства, предсказанные на основе последовательности ДНК, указывают на то, что Ch65 либо
* живет на отходах (биология)|мусоре («микробная падаль») и получает ресурсы от лизиса (биология)|лизированной микробной биомассы, или
* в симбиотическом (возможно паразитические) отношения с другими организмами, что, очевидно, имеет место для других классов Minisyncoccota (например, Minisyncoccia и Saccharimonadia).
=== Биосинтез пуринов ===
Как также установили эти авторы, штаммы SCGC AAA011-A19 и SCGC AAA011-L05 (оба из субклада OP11-1) используют метаболический путь биосинтеза пуринов аденина и гуанина, известный только у архей и, вероятно, осуществляемый представителями царства архей (биологии)|царства Methanobacteriati посредством латерального переноса генов (LGT). (ранее называвшаяся «Euryarchaeida» или «Euryarchaeota»), была приобретена.
Биосинтез пуринов происходит у бактерий и архей в отношении его предпоследней стадии (рибонуклеатВикисловарь: wikt:en:ribonucleate|ribonucleate ( Все бактерии, секвенированные к тому моменту (2013 г.), использовали для этого этапа фермент PurH1, тогда как большинство архей использовали фермент PurP.
Однако представители Minisyncoccota (ранее: «Ca. Patescibacteriota» или «Patescibacteria») не имеют гена «purH1», но вместо этого имеют ген, подобный «purP» - фермент PurP используется Methanobacteriati на этом этапе. Как утверждают авторы, это предполагает древнюю латеральную передачу большей части оперона биосинтеза пуринов от термококкоподобного донора к предку Minisyncoccota («Patescibacteria»).
=== Свойства генома (o__UBA1400) ===
Размеры геномов и нуклеотидный состав полных геномов представителей отряда-кандидата o__UBA1400 [“''Ca.'' Chazhemtobacteriales”]:
== Систематика ==
В работе Кристиана Ринке «et al.» (2013) клада OP11 по-прежнему считается типом (отдел (биология)|отдел,
Система группы по состоянию на 7 марта 2026 года (выдержки) выглядит следующим образом:
Класс «''Ca.'' '''Микрогеноматия'''» -->
* Заказ ''incertae sedis''(L)
** Клада (семья?) OP11-1(R)
*** Род incertae sedis
**** Вид Микрогеноматная бактерия SCGC AAA011-A19(N,R) [Бактерия-кандидат отдела OP11 SCGC AAA011-A19(N)]
**** Вид Микрогеноматная бактерия SCGC AAA011-L05(N,R) [Бактерия-кандидат в подразделение OP11 SCGC AAA011-L05(N)]
**** Вид Микрогеномативная бактерия SCGC AAA011-F5(N,R) [Бактерия-кандидат деления OP11 SCGC AAA011-F5(N)]
** Клада (семья?) OP11-2(R)
*** Род incertae sedis
**** Вид Микрогеномативная бактерия SCGC AAA255-J07(N,R) [Бактерия-кандидат отдела OP11 SCGC AAA255-J07(N)]
**** Вид Микрогеномативная бактерия SCGC AAA011-B20(N,R) [Бактерия-кандидат в подразделение OP11 SCGC AAA011-B20(N)]
** Клада (семья?) OP11-4b(R)
*** Род «''Ca.'' '''Microgenomatus'''» **** Вид «''Прим.'' '''Microgenomatus auricola'''» **** Вид «Прим.» Microgenomatus sp. изолировать SulCav_AS07-7_2_38_32(N)
**** Вид «Прим.» Microgenomatus sp. изолировать SulCav_AS07-7_35_29(N)
**** Вид «Прим.» Microgenomatus sp. изолировать BE2012_2_50_27(N)
*** Gattung ''incertae sedis''
**** Виды ''Ca.'' Микрогеноматная бактерия SCGC AAA011-M05(N,R) [Бактерия-кандидат отдела OP11 SCGC AAA011-M05(N)]
**** Виды Некультивируемые бактерии-кандидаты деления OP11 … клон BB35(N) с Stamm 83319022(R) псевдоним BB35(N)
Подробнее: https://de.wikipedia.org/wiki/Microgenomatia
''Candidatus (биология)|Candidatus'' '''Microgenomatia''' представляет собой класс (биология)|класс бактерий типа (отдел (биология)|отдел) Minisyncoccota (ранее называвшегося ''Candidatus (биология)|Ca.'' Patescibacteriota или группы CPR).
== Описание ==
=== Сегодняшний класс «Ca. Microgenomatia» первоначально назывался типом «Microgenomates» или
=== В 2020 году Виталий Кадников «и др.» сообщили о штамме Microgenomatia Ch65 (Contig#MAGs|MAG), который они секвенировали с помощью метагеномики. По предложению этих авторов, Ch65 служит эталоном для нового вида-кандидата «''Ca.'' Chazhemtobacterium aquaticus» [LPSN: «''Ca.'' Chazhemtonibacterium aquaticus»], типового вида также нового семейства «Ca. Chazhemtonibacteriaceae», с сестринским семейством GTDB семейства f__UBA12108 [»''Ca.'' Collierbacteraceae»]; оба в порядке GTDB o__UBA1400.
Хотя бактерии Ch65 невозможно культивировать, они также являются водными, поскольку их ДНК происходит из подземного термального водоносного горизонта (~20°C|°C,Температура воды была ниже, чем ожидалось, при типичном температурном градиенте около 20°C/километр|км, но вода могла остыть по мере прохождения через скважину. pH значение|pH 7,43–7,60) в нефтедобывающей скважине 5П глубиной 2,8 км у села Чажемто[https://mapcarta.com/de/15362434 Чажемто]. Включено: Мапкарта (
Геном Ch65 имеет длину 801 504 пары оснований, содержит 838 белково-генетических кодирующих генов и имеет содержание G+C 44,80%. Он имеет весьма необычный нуклеотидный состав: одна цепь по всей длине имеет высокое содержание цитозина по сравнению с гуанином. Это говорит о том, что большая часть бактериальной хромосомы Ch65 реплицируется в одном направлении. Однако такая асимметрия в нуклеотидном составе наблюдалась и в семействах GTDB f__UBA12108 ["''Ca.'' Collierbacteraceae] и f__CG1-02-47-37 ['''Ca.'' Beckwithbacteraceae'] (оба также в порядке GTDB o__UBA1400 ['''Ca.'' Chazhemtobacteriales"]).
Анализ генома показал, что бактерия Ch65, вероятно, имеет палочковидную и подвижную форму. Он ведет анаэробный образ жизни, т. е. является облигатным органотрофом с ферментативным метаболизмом, благодаря чему может продуцировать ацетат и лактат.
Однако у него нет ни дыхательной цепи, ни полных метаболических путей биосинтеза жирных кислот/липидов, аминокислот и нуклеотидов.
Гликолиз | Путь гликолиза Эмбдена-Мейергофа и пентозофосфатный путь # Восстановительный пентозофосфатный путь | неокислительный пентозофосфатный путь в значительной степени завершены, но гены глюкокиназы (GCK), фосфофруктокиназы 1 | 6-фосфофруктокиназы (PFK1) и трансальдолазы (TAL) не были обнаружены.
У бактерии Ch65 отсутствуют секретируемые гликозидазы|гликозидгидролазы и обычные транспортеры (мембранный белок)|транспортеры для импорта сахаров и аминокислот.
Метаболические свойства, предсказанные на основе последовательности ДНК, указывают на то, что Ch65 либо
* живет на отходах (биология)|мусоре («микробная падаль») и получает ресурсы от лизиса (биология)|лизированной микробной биомассы, или
* в симбиотическом (возможно паразитические) отношения с другими организмами, что, очевидно, имеет место для других классов Minisyncoccota (например, Minisyncoccia и Saccharimonadia).
=== Биосинтез пуринов ===
Как также установили эти авторы, штаммы SCGC AAA011-A19 и SCGC AAA011-L05 (оба из субклада OP11-1) используют метаболический путь биосинтеза пуринов аденина и гуанина, известный только у архей и, вероятно, осуществляемый представителями царства архей (биологии)|царства Methanobacteriati посредством латерального переноса генов (LGT). (ранее называвшаяся «Euryarchaeida» или «Euryarchaeota»), была приобретена.
Биосинтез пуринов происходит у бактерий и архей в отношении его предпоследней стадии (рибонуклеатВикисловарь: wikt:en:ribonucleate|ribonucleate ( Все бактерии, секвенированные к тому моменту (2013 г.), использовали для этого этапа фермент PurH1, тогда как большинство архей использовали фермент PurP.
Однако представители Minisyncoccota (ранее: «Ca. Patescibacteriota» или «Patescibacteria») не имеют гена «purH1», но вместо этого имеют ген, подобный «purP» - фермент PurP используется Methanobacteriati на этом этапе. Как утверждают авторы, это предполагает древнюю латеральную передачу большей части оперона биосинтеза пуринов от термококкоподобного донора к предку Minisyncoccota («Patescibacteria»).
=== Свойства генома (o__UBA1400) ===
Размеры геномов и нуклеотидный состав полных геномов представителей отряда-кандидата o__UBA1400 [“''Ca.'' Chazhemtobacteriales”]:
== Систематика ==
В работе Кристиана Ринке «et al.» (2013) клада OP11 по-прежнему считается типом (отдел (биология)|отдел,
Система группы по состоянию на 7 марта 2026 года (выдержки) выглядит следующим образом:
Класс «''Ca.'' '''Микрогеноматия'''» -->
* Заказ ''incertae sedis''(L)
** Клада (семья?) OP11-1(R)
*** Род incertae sedis
**** Вид Микрогеноматная бактерия SCGC AAA011-A19(N,R) [Бактерия-кандидат отдела OP11 SCGC AAA011-A19(N)]
**** Вид Микрогеноматная бактерия SCGC AAA011-L05(N,R) [Бактерия-кандидат в подразделение OP11 SCGC AAA011-L05(N)]
**** Вид Микрогеномативная бактерия SCGC AAA011-F5(N,R) [Бактерия-кандидат деления OP11 SCGC AAA011-F5(N)]
** Клада (семья?) OP11-2(R)
*** Род incertae sedis
**** Вид Микрогеномативная бактерия SCGC AAA255-J07(N,R) [Бактерия-кандидат отдела OP11 SCGC AAA255-J07(N)]
**** Вид Микрогеномативная бактерия SCGC AAA011-B20(N,R) [Бактерия-кандидат в подразделение OP11 SCGC AAA011-B20(N)]
** Клада (семья?) OP11-4b(R)
*** Род «''Ca.'' '''Microgenomatus'''» **** Вид «''Прим.'' '''Microgenomatus auricola'''» **** Вид «Прим.» Microgenomatus sp. изолировать SulCav_AS07-7_2_38_32(N)
**** Вид «Прим.» Microgenomatus sp. изолировать SulCav_AS07-7_35_29(N)
**** Вид «Прим.» Microgenomatus sp. изолировать BE2012_2_50_27(N)
*** Gattung ''incertae sedis''
**** Виды ''Ca.'' Микрогеноматная бактерия SCGC AAA011-M05(N,R) [Бактерия-кандидат отдела OP11 SCGC AAA011-M05(N)]
**** Виды Некультивируемые бактерии-кандидаты деления OP11 … клон BB35(N) с Stamm 83319022(R) псевдоним BB35(N)
Подробнее: https://de.wikipedia.org/wiki/Microgenomatia