Мобильная версияХодархеум ⇐ Васина Википедия
-
Автор темыwiki_de
- Всего сообщений: 55921
- Зарегистрирован: 13.01.2023
Ходархеум
«''Candidatus (биология)|Candidatus'' '''Hodarchaeum'''» является родом-кандидатом (биология)|родом архей.
Он принадлежит к монотипическому семейству кандидатов «''Ca.'' '''Hodarchaeaceae'''» и, следовательно, к монотипическому отряду кандидатов «''Ca.'' '''Hodarchaeales''» (ранее называвшемуся '''LC-3'''). Он принадлежит к монотипическому классу-кандидату (биология)|классу «''Ca.'' Hodaeia» в монотипическом типе-кандидате «''Ca.'' Hodarchaeota». Хотя этот тип не отнесен к царству архей (биология)|королевству в LPSN, он отнесен к царству Promethearchaeati|Promethearchaeati (Asgard-Archaeen) в таксономии Национального центра биотехнологической информации|NCBI.
Однако GTDB классифицирует их по-разному.
«''Ca.'' Hodarchaeum» включает единственный (кандидатный) вид «''Ca.'' Hodarchaeum mangrovi».
Однако GTDB также относит ряд последовательностей ДНК («изолятов») из метагеномики к другим видам этого рода,
которые в таксономии NCBI обычно подчиняются Hodarchaea без дальнейшей классификации («incertae sedis»).
== История исследований ==
Ян Лю, Юрий И. Вольф, Юджин В. Кунин, Мэн Ли «и др.» опубликовали сравнительный анализ 162 полных или почти полных геномов архей Асгарда в 2021 году. В их число вошли 75 новых контиг#MAGs|MAG (геномы, собранные из метагеномов), что представляет собой значительное расширение филогенетического биоразнообразия архей Асгарда. в то время и побудило их одновременно предложить шесть дополнительных типов в этой супергруппе.
Одним из этих типов-кандидатов был Hodarchaeota, в котором обитает триба или MAG As_027 (виды «''Candidatus (Biology)|Ca.'' Hodarchaeum mangrovi»).
В 2021 году компания Sun ''et al.'' отнесла отряд «''Ca.'' Hodarchaeales» [клада LC-3] к классу «''Ca.'' Heimdallarchaeia».
В 2025 году Чжан «и др.» на основе подробного филогеномного анализа с использованием нескольких наборов маркеров пришел к выводу, что эукариоты отделились от класса «Ca. Heimdallarchaeia» до диверсификации, а не (как предполагалось ранее) вместе с «Ca. Hodarchaeales» внутри класса «Ca.» Хеймдаллархея».
== Систематика ==
Принятая в настоящее время таксономия основана на
Род (Биология)|Род "''Candidatus (Биология)|Candidatus'' '''Hodarchaeum'''" * Виды (Биология)|Виды «''Candidatus'' '''Hodarchaeum mangrovi'''» ** Штамм As_027(L), также известный как FT2_5_011 - Местонахождение: отложения морского побережья, природный заповедник Футянь, Шэньчжэнь, Китай
** Штамм FT_5_011(N,G) - Местонахождение: отложения морского побережья, природный заповедник Футянь, Шэньчжэнь, Китай(N)
** Штамм MWH_BASALT_bin2412(N) (Автор: Х. Ли) – Местоположение: Китай(N)
** Штамм SJG_metabat2_bin1771(N) (Автор: Х. Ли) – Местоположение: Китай(N)
* Вид Hodarchaeum sp011364965(G). ** Штамм N1B_bin6.179(N,G) - Местоположение: устье Янцзы|Чанг Цзян, Китай(N)
* Вид Hodarchaeum sp020353515(G). ** Племя bin6(N,G) – Местоположение: к западу от острова Диу Тин Лук [https://www.alamy.it/fotos-immagini/diu ... y=relevant Диу Тин Лук]. На: alamy (alamy.it,
* Вид Hodarchaeum sp020351745(G). ** Племя bin76(N,G) — Расположение: к западу от острова Диу Тин Лук на юго-западе|к юго-западу от Лантау, Гонконг(N)
* Вид Hodarchaeum sp020348965(G). ** Штамм bin272(N,G) — Местоположение: к западу от острова Диу Тин Лук на юго-западе|к юго-западу от Лантау, Гонконг(N)
* Вид Hodarchaeum sp016840035(G). ** Штамм YT1_021(N,G) - Местонахождение: природный заповедник Жунчэн-Нация-Лебедь, провинция Шаньдун, Китай(N)
* Вид Hodarchaeum sp016839815(G). ** Штамм YT2_004(N,G) - Местонахождение: природный заповедник Жунчэн-Нация-Лебедь, провинция Шаньдун, Китай(N)
* Вид Hodarchaeum sp016839785(G). ** Штамм YT2_065(N,G) - Местонахождение: природный заповедник Жунчэн-Нация-Лебедь, провинция Шаньдун, Китай(N)
* Вид Hodarchaeum sp016839625(G). ** Штамм YT5_056(N,G) - Местонахождение: природный заповедник «Лебедь народа Жунчэн», провинция Шаньдун, Китай(N)
* Вид Hodarchaeum sp003144275(G). ** Штамм B3_Heim(N,G) - Местонахождение: в морской зоне между Гонконгом и Гаошунгом (Тайвань)(N)
* Вид Hodarchaeum sp011364965(G). ** Штамм SZ_4_bin2.246(N,G) – Местонахождение: отложения мангровых зарослей, залив Шэньчжэнь, Китай(N)
* Вид Hodarchaeum sp019057635(G). ** Штамм MAG_8(N,G) – Местонахождение: осадок из истечения метана, курганы Санта-Моника, [Тихий океан у побережья Калифорнии(N)
* Вид Hodarchaeum sp030589605(G). ** Штамм CSMAG_10(N,G) – Местоположение: метагеном холодного просачивания (
* Вид Hodarchaeum sp029856365(G). ** Штамм WORE3(N,G) — Местоположение: устье реки Уайт-Оук (WOR), [https://mapcarta.com/21343060 Река Уайт-Оук.] Мапкарта (en).[http://www.coastalnc.org/whiteoakriver/ Река Уайт-Оук]. На: Южные внешние банки и Кристальное побережье Северной Каролины (coastalnc.org). Северная Каролина, США(N)
----
* Л – * N – Таксономия * Г – * G:N — название NCBI, по-видимому, прежнее название NCBI согласно GTDB
Названия некоторых штаммов в NCBI, по-видимому, все еще отражают предыдущую классификацию рода или отряда в класс «Ca.» Heimdallarchaeia» с его типом.
== Этимология ==
Предлагаемое родовое название «Hodarchaeum» состоит из нового
Видовой эпитет «mangrovi» является новым.
== Примечания ==
LPSN: [https://lpsn.dsmz.de/genus/hodarchaeum Genus "''Candidatus'' Hodarchaeum"] Лю ''et al.'' 2021, Немецкая коллекция микроорганизмов и клеточных культур (DSMZ).
Национальный центр биотехнологической информации | NCBI: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/B ... 8931&lvl=3 "Candidatus Hodarchaeum"], Подробности: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/B ... id=2798931 «Candidatus Hodarchaeum» Лю и др. 2020] (род); графический: [https://lifemap.cnrs.fr/tree?tool=searc ... -mode=true ''Candidatus Hodarchaeum''], на Lifemap.
Инчунь Хан, Чувэнь Чжан, Чжуомин Чжао, Юнъи Пэн, Цзин Ляо, Цююнь Цзян, Цин Лю, Цзунцзе Шао, Сиянг Донг: «Полный геномный каталог глобальных холодных просачиваний». В: «Научные данные», Группа 10, № 1, 8 сентября 2023 г., С. 596;
Ян Лю, Кира С. Макарова, Вэнь-Цун Хуан, Юрий И. Вольф, Анастасия Н. Никольская, Синьсюй Чжан, Минвэй Цай, Цуй-Цзин Чжан, Вэй Сюй, Чжухуа Ло, Лэй Чэн, Юджин В. Кунин, Мэн Ли: «Расширенное разнообразие архей Асгарда и их отношения с эукариотами». В: «Природа», Группа 593, 28 апреля 2021 г., С. 553–557;
Джиаруи Сан, Пол Н. Эванс, Эмма Дж. Гаген, Бен Дж. Вудкрофт, Брайан П. Хедлунд, Таня Войк, Филип Хугенхольц, Кристиан Ринке: «Перекодирование стоп-кодонов расширяет метаболический потенциал двух новых линий Asgardarchaeota». В: «ISME Communications», Band 1, Nr. 1, декабрь 2021 г., С. 30;
Категория:Асгардархеоты
Подробнее: https://de.wikipedia.org/wiki/Hodarchaeum
«''Candidatus (биология)|Candidatus'' '''Hodarchaeum'''» является родом-кандидатом (биология)|родом архей.
Он принадлежит к монотипическому семейству кандидатов «''Ca.'' '''Hodarchaeaceae'''» и, следовательно, к монотипическому отряду кандидатов «''Ca.'' '''Hodarchaeales''» (ранее называвшемуся '''LC-3'''). Он принадлежит к монотипическому классу-кандидату (биология)|классу «''Ca.'' Hodaeia» в монотипическом типе-кандидате «''Ca.'' Hodarchaeota». Хотя этот тип не отнесен к царству архей (биология)|королевству в LPSN, он отнесен к царству Promethearchaeati|Promethearchaeati (Asgard-Archaeen) в таксономии Национального центра биотехнологической информации|NCBI.
Однако GTDB классифицирует их по-разному.
«''Ca.'' Hodarchaeum» включает единственный (кандидатный) вид «''Ca.'' Hodarchaeum mangrovi».
Однако GTDB также относит ряд последовательностей ДНК («изолятов») из метагеномики к другим видам этого рода,
которые в таксономии NCBI обычно подчиняются Hodarchaea без дальнейшей классификации («incertae sedis»).
== История исследований ==
Ян Лю, Юрий И. Вольф, Юджин В. Кунин, Мэн Ли «и др.» опубликовали сравнительный анализ 162 полных или почти полных геномов архей Асгарда в 2021 году. В их число вошли 75 новых контиг#MAGs|MAG (геномы, собранные из метагеномов), что представляет собой значительное расширение филогенетического биоразнообразия архей Асгарда. в то время и побудило их одновременно предложить шесть дополнительных типов в этой супергруппе.
Одним из этих типов-кандидатов был Hodarchaeota, в котором обитает триба или MAG As_027 (виды «''Candidatus (Biology)|Ca.'' Hodarchaeum mangrovi»).
В 2021 году компания Sun ''et al.'' отнесла отряд «''Ca.'' Hodarchaeales» [клада LC-3] к классу «''Ca.'' Heimdallarchaeia».
В 2025 году Чжан «и др.» на основе подробного филогеномного анализа с использованием нескольких наборов маркеров пришел к выводу, что эукариоты отделились от класса «Ca. Heimdallarchaeia» до диверсификации, а не (как предполагалось ранее) вместе с «Ca. Hodarchaeales» внутри класса «Ca.» Хеймдаллархея».
== Систематика ==
Принятая в настоящее время таксономия основана на
Род (Биология)|Род "''Candidatus (Биология)|Candidatus'' '''Hodarchaeum'''" * Виды (Биология)|Виды «''Candidatus'' '''Hodarchaeum mangrovi'''» ** Штамм As_027(L), также известный как FT2_5_011 - Местонахождение: отложения морского побережья, природный заповедник Футянь, Шэньчжэнь, Китай
** Штамм FT_5_011(N,G) - Местонахождение: отложения морского побережья, природный заповедник Футянь, Шэньчжэнь, Китай(N)
** Штамм MWH_BASALT_bin2412(N) (Автор: Х. Ли) – Местоположение: Китай(N)
** Штамм SJG_metabat2_bin1771(N) (Автор: Х. Ли) – Местоположение: Китай(N)
* Вид Hodarchaeum sp011364965(G). ** Штамм N1B_bin6.179(N,G) - Местоположение: устье Янцзы|Чанг Цзян, Китай(N)
* Вид Hodarchaeum sp020353515(G). ** Племя bin6(N,G) – Местоположение: к западу от острова Диу Тин Лук [https://www.alamy.it/fotos-immagini/diu ... y=relevant Диу Тин Лук]. На: alamy (alamy.it,
* Вид Hodarchaeum sp020351745(G). ** Племя bin76(N,G) — Расположение: к западу от острова Диу Тин Лук на юго-западе|к юго-западу от Лантау, Гонконг(N)
* Вид Hodarchaeum sp020348965(G). ** Штамм bin272(N,G) — Местоположение: к западу от острова Диу Тин Лук на юго-западе|к юго-западу от Лантау, Гонконг(N)
* Вид Hodarchaeum sp016840035(G). ** Штамм YT1_021(N,G) - Местонахождение: природный заповедник Жунчэн-Нация-Лебедь, провинция Шаньдун, Китай(N)
* Вид Hodarchaeum sp016839815(G). ** Штамм YT2_004(N,G) - Местонахождение: природный заповедник Жунчэн-Нация-Лебедь, провинция Шаньдун, Китай(N)
* Вид Hodarchaeum sp016839785(G). ** Штамм YT2_065(N,G) - Местонахождение: природный заповедник Жунчэн-Нация-Лебедь, провинция Шаньдун, Китай(N)
* Вид Hodarchaeum sp016839625(G). ** Штамм YT5_056(N,G) - Местонахождение: природный заповедник «Лебедь народа Жунчэн», провинция Шаньдун, Китай(N)
* Вид Hodarchaeum sp003144275(G). ** Штамм B3_Heim(N,G) - Местонахождение: в морской зоне между Гонконгом и Гаошунгом (Тайвань)(N)
* Вид Hodarchaeum sp011364965(G). ** Штамм SZ_4_bin2.246(N,G) – Местонахождение: отложения мангровых зарослей, залив Шэньчжэнь, Китай(N)
* Вид Hodarchaeum sp019057635(G). ** Штамм MAG_8(N,G) – Местонахождение: осадок из истечения метана, курганы Санта-Моника, [Тихий океан у побережья Калифорнии(N)
* Вид Hodarchaeum sp030589605(G). ** Штамм CSMAG_10(N,G) – Местоположение: метагеном холодного просачивания (
* Вид Hodarchaeum sp029856365(G). ** Штамм WORE3(N,G) — Местоположение: устье реки Уайт-Оук (WOR), [https://mapcarta.com/21343060 Река Уайт-Оук.] Мапкарта (en).[http://www.coastalnc.org/whiteoakriver/ Река Уайт-Оук]. На: Южные внешние банки и Кристальное побережье Северной Каролины (coastalnc.org). Северная Каролина, США(N)
----
* Л – * N – Таксономия * Г – * G:N — название NCBI, по-видимому, прежнее название NCBI согласно GTDB
Названия некоторых штаммов в NCBI, по-видимому, все еще отражают предыдущую классификацию рода или отряда в класс «Ca.» Heimdallarchaeia» с его типом.
== Этимология ==
Предлагаемое родовое название «Hodarchaeum» состоит из нового
Видовой эпитет «mangrovi» является новым.
== Примечания ==
LPSN: [https://lpsn.dsmz.de/genus/hodarchaeum Genus "''Candidatus'' Hodarchaeum"] Лю ''et al.'' 2021, Немецкая коллекция микроорганизмов и клеточных культур (DSMZ).
Национальный центр биотехнологической информации | NCBI: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/B ... 8931&lvl=3 "Candidatus Hodarchaeum"], Подробности: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/B ... id=2798931 «Candidatus Hodarchaeum» Лю и др. 2020] (род); графический: [https://lifemap.cnrs.fr/tree?tool=searc ... -mode=true ''Candidatus Hodarchaeum''], на Lifemap.
Инчунь Хан, Чувэнь Чжан, Чжуомин Чжао, Юнъи Пэн, Цзин Ляо, Цююнь Цзян, Цин Лю, Цзунцзе Шао, Сиянг Донг: «Полный геномный каталог глобальных холодных просачиваний». В: «Научные данные», Группа 10, № 1, 8 сентября 2023 г., С. 596;
Ян Лю, Кира С. Макарова, Вэнь-Цун Хуан, Юрий И. Вольф, Анастасия Н. Никольская, Синьсюй Чжан, Минвэй Цай, Цуй-Цзин Чжан, Вэй Сюй, Чжухуа Ло, Лэй Чэн, Юджин В. Кунин, Мэн Ли: «Расширенное разнообразие архей Асгарда и их отношения с эукариотами». В: «Природа», Группа 593, 28 апреля 2021 г., С. 553–557;
Джиаруи Сан, Пол Н. Эванс, Эмма Дж. Гаген, Бен Дж. Вудкрофт, Брайан П. Хедлунд, Таня Войк, Филип Хугенхольц, Кристиан Ринке: «Перекодирование стоп-кодонов расширяет метаболический потенциал двух новых линий Asgardarchaeota». В: «ISME Communications», Band 1, Nr. 1, декабрь 2021 г., С. 30;
Категория:Асгардархеоты
Подробнее: https://de.wikipedia.org/wiki/Hodarchaeum