'' 'Methprimer' ''-это бесплатная веб-программа для проектирования праймера (молекулярная биология) | праймеры, используемые в полимеразной цепной реакции | Анализ метилирования ДНК на основе ПЦР. Он специально разработан для работы с бисульфит-конвертированной ДНК, общей методикой в исследованиях эпигенетики. Меппример поддерживает конструкцию праймеров для специфической для метилирования ПЦР (MSP) и бисульфита секвенирования ПЦР (BSP). Это также включает в себя функцию прогнозирования островов CPG. Программа была создана доктором Long-Cheng LI и в настоящее время поддерживается Ractigen Therapeutics, биотехнологической компанией, основанной доктором Ли в 2017 году.
== История ==
Methprimer был разработан доктором Long-Cheng Li в 2002 году, когда он был научным сотрудником в Калифорнийском университете в Сан-Франциско (UCSF). Программа была создана для удовлетворения растущей потребности в специализированном инструменте для проектирования праймеров для исследований метилирования на основе бисульфитов, методику, которая становится все более важной в исследованиях эпигенетики. Первоначальная программа мета -метпримеров была описана в «Биоинформатике» (журнал) | «Биоинформатика», опубликованная в 2002 году . Программа была первоначально размещена на веб -сайте UCSF LI Lab, а затем была перенесена в свой собственный домен, Methprimer.com, и поддерживается Ractigen Therapeutics.
== features ==
Methprimer предлагает несколько ключевых особенностей для анализа метилирования:
* '' 'Специфичный для метилирования ПЦР (MSP) Грамотный дизайн:' '' Methprimer разрабатывает две пары праймеров для MSP: одна пара, специфичная для метилированной ДНК и другая пара, специфичная для неметилированной ДНК. Это позволяет исследователям определять статус метилирования конкретной области ДНК.
* '' 'Бисульфита секвенирования ПЦР (BSP) Праймер дизайн:' '' Methprimer Designs праймеры, которые амплифицируют бисульфит-конвертированную ДНК без смещения в направлении метилированных или неметилированных последовательностей. Эти праймеры используются для анализа метилирования на основе секвенирования, обеспечивая подробный взгляд на паттерны метилирования.
* '' 'CPG Island Production:' 'Methprimer может предсказать острова CPG в данной последовательности ДНК. Острова CPG представляют собой регионы с высокой частотой динуклеотидов CPG, часто связанными с промоторами генов и регуляторными элементами. Прогноз основан на таких параметрах, как содержание GC, наблюдаемое/ожидаемое отношение CPG и размер окна.
* '' 'Входная гибкость:' '' Пользователи могут вводить последовательности ДНК в различных стандартных форматах. Программа обрабатывает моделирование преобразования бисульфита внутри страны, поэтому пользователям не нужно предварительно редактировать свои последовательности.
* '' 'Выходные форматы:' 'Methprimer дает результаты как в текстовых, так и в графических форматах, что позволяет легко визуализировать местоположения праймеров и прогнозы острова CPG.
== Алгоритм ==
Процесс проектирования праймеров Methprimer включает в себя несколько этапов:
1. '' '' Моделирование преобразования бисульфита: '' 'Входная последовательность ДНК вычисляется «преобразована» для моделирования эффектов лечения бисульфита. Цитозины без CPG изменяются на тимины. Для MSP генерируются как полностью преобразованная последовательность (представляющая неметилированную ДНК), так и последовательность, в которой генерируются все цитозины (представляющие метилированную ДНК).
2. '' 'Олиго тестирование:' '' Все возможные короткие олигонуклеотидные последовательности (потенциальные праймеры) в преобразованных последовательности (ы) оцениваются на основе различных параметров, включая:
* Контент GC
* Температура плавления (TM)
* Количество не CPG-цитозинов
* Присутствие и расположение CPG (для праймеров MSP)
* Максимальное количество последовательных мононуклеотидов (полих и полит правил)
3. * Размер продукта
* Разница температуры плавления между праймерами (особенно для MSP)
* Местоположение относительно целевой области и прогнозируемых островов CPG
4.
5.
== влияние и использование ==
Меппример широко использовался в научном сообществе и был приведен в более чем 29 000 рецензируемых публикаций по состоянию на 2025 год. Он считается стандартным инструментом в области исследований эпигенетики, особенно для исследований, связанных с метилированием ДНК. Долговечность программы и продолжение использования демонстрируют его полезность и надежность.
== доступность ==
Methprimer - это бесплатная услуга, предоставляемая Ractigen Therapeutics. Он доступен через веб -браузер по адресу [https://methprimer.com/ methprimer.com].
== citation ==
Первоначальная публикация, описывающая метампример, должна цитироваться при использовании программы в исследованиях:
* Li LC, Dahiya R. Methprimer: проектирование праймеров для метилирования ПЦР. «Биоинформатика». 2002 ноябрь; 18 (11): 1427-31. PMID: 12424112.
== См. Также ==
* Метилирование ДНК
* Секвенирование бисульфита
* ПЦР-специфичная метилирование
* Полимеразная цепная реакция
* Праймер (молекулярная биология)
* Остров CPG
* Bioinformatics
* Primer3
*
Программное обеспечение для биоинформатики
Программное обеспечение для молекулярной биологии
Бесплатное программное обеспечение
Веб -приложения
Эпигенетика
Геномика
Подробнее: https://en.wikipedia.org/wiki/MethPrimer