Азоамиковые ⇐ Васина Википедия

[wiki_de]

'''''''Candidatus'' Azoamicaceae'''' представляет собой семейство (биология)|семейство эндосимбиозных|эндосимбиотических гаммапротеобактерий, описанных в 2024 году со статусом Candidatus (биология)|кандидата.
Он монотипичен внутри отряда-кандидата (биология)|отряда '''''Ca.'' Azoamicales''' (ранее называвшегося '''группа eub62A3''').
Имя для семьи и порядка в
Представители этой группы отличаются способностью осуществлять денитрификацию у своего инфузорного хозяина. Типовой вид ''Ca.'' #Azoamicus ciliaticola|Azoamicus ciliaticola был выделен из анаэробной зоны Озеро Цуг изолировано в Швейцарии и описано в 2021 году.

== Экология ==
Эндосимбионты, полезные хозяину ( В то время как «Ca.» Azoamicus ciliaticola с крайне редуцированным геномом, очевидно, снабжает своего инфузорного хозяина в глубоких зонах меромиктического озера Цуг энергией только в виде бескислородного аденозинтрифосфата|АТФ, «Ca.» Azosocius. aquiferis, по-видимому, играет более важную роль в метаболизме своего хозяина. На это указывает сохранение цитохром-с-оксидазы cbb3 (псевдоним COX) со сравнительно высокой транскрипцией (биология)|транскрипцией гена ''ccoNOP''[https:// tcdb.org/search/result.php?acc=F8H841&tc=3.D.4.3.3 3.D.4.3.3] – Цитохром с оксидаза Cbb3. База данных классификации транспортеров (TCDB). для этого фермента.
Это говорит о том, что они передают способность дышать своему хозяину.
Это может объяснить всемирное распространение этого симбиотического партнерства в сезонно или постоянно бедных кислородом средах обитания и важную экологическую роль этого симбиоза.

== Систематика ==

По состоянию на 19 декабря 2024 г.

Класс Гаммапротеобактерии
* Отряд '''''Candidatus (биология)|Candidatus'' Azoamicales''' ** Семейство '''''Candidatus'' Azoamicaceae''' *** Род '''''Candidatus'' Azoamicus''' **** '''''Прибл.'' #Azoamicus ciliaticola|Azoamicus ciliaticola'''ᵀ **** ''Прибл.'' Azoamicus viridis **** ''Прибл.'' Azoamicus soli **** Бактериальный клон резервуара Фейцуи Fei_12Nov90m_29 (инвентарный номер AB930564) – Местоположение: плотина Фейцуи, Тайвань
**** Бактериальный клон резервуара Фейцуи Fei_12Dec90m_86 (инвентарный номер AB930693) – Местоположение: плотина Фейцуи, Тайвань
**** Клон озера Павин eub62A3 — Местоположение: Лак-Павин
**** Метагия озера Киву. contig Ga0116204 — Местоположение: озеро Киву
**** Клон бактерий Мексиканского залива EzyYy290 (инвентарный номер KX172462)
*** Род ''Candidatus'' Azosocius v. **** ''Прибл.'' Azosocius agrariusᵀ **** ''Приблизительно'' #Azosocius aquiferis|Azosocius aquiferis
-->
*** Род ''CADEGZ01''
**** ''CADEGZ01 sp013286785'' с изолятами бактерий Gammaproteobacteria BWOrgControl_Nextera8_MAG4 (GCA-002422785.1)Нуклеотиды NCBI: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1850859839 JABDFC010000000].
**** ''CADEGZ01 sp021848375'' с изолятом бактерии Pseudomonadota SKS4.bin44 (GCA_021848375.1)Нуклеотиды NCBI: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/2186543794 JABDFC010000000].< /ссылка>
**** ''CADEGZ01 sp027364575'' с чистым изолятом бактерии 1871 (GCA_027364575.1)Нуклеотиды NCBI: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/2417557504 DAHXPC010000000].
**** ''CADEGZ01 sp902827015'' с Proteobacteria sp. RBC072 (GCA_902827015.1)Нуклеотид NCBI: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1831051932 CADEGZ010000000].
*** Гаттунг ''CAMFJH01''
*** Гаттунг ''JABDCL01''
**** ''JABDCL01 sp013288135'' с изолятом бактерии Gammaproteobacteria BWMinControl_Nextera25_MAG1 (GCA_013288135.1)Нуклеитид NCBI: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1850859698 JABDCL010000000].
*** Гаттунг ''JABJGS01''
**** ''JABJGS01 sp018703155'' (GCA_018703155.1) с бактериальным изолятом Francesellaceae SI074_bin154 (GCA_018703155.1)Нуклеотид NCBI: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/2047511104 JABJGS010000000].
*** Гаттунг ''JAGOUJ01''
**** ''JAGOUJ01 sp018061325'' с изолятом бактерии гаммапротеобактерий Gw_Eff_bin_481 (GCA_OI 8061325.1)Нуклеотид NCBI: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/2026855077 JAGOUJ010000000].
*** Гаттунг ''JAGVLG01''
*** Гаттунг ''JAQGOH01''
*** Гаттунг ''UBA6186''
**** ''UBA6186 sp002422785'' с бактерией Francesellaceae UBA6186 (GCA_002422785.1)Нуклеотид NCBI: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1249620604 DITK01000000].
**** ''UBA6186 sp903822055'' с бактериальным изолятом Francesellaceae AlinenLipids_bin-5883 (GCA_903822055.1)Нуклеотид NCBI: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1872009774 CAIJNR010000000].
**** ''UBA6186 sp903827925'' с бактериальным изолятом Francecellaceae A14_bin-2859 (GCA_903827925.1)Нуклеотид NCBI: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1871442878 CAIKKE010000000].< /ref>
**** ''UBA6186 sp903907935'' с изолятом бактерии Francecellaceae AlinenLipids_bin-3321 (GCA_903907935.1)Нуклеотид NCBI: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/1872525092 CAIVQA010000000].
**** GEMОперативная таксономическая единица|OTU 17862
**** GEMОперативная таксономическая единица|OTU 10623
* Орднунг Францизелла
** Семейство Francesellacae

* Ordnung Legionellales mit Gattung ''Legionella'' (Легионеллен)

* Ordnung Berkiellales mit Gattung ''Berkiella''

* Орднунг Коксиеллальс

* Ordnung Diplorickettsiales

* Орднунг o__JABCZS01 (GTDB)
** Семья f__JABCZS01 (GTDB)
*** Гаттунг ''JABCZS01''
**** ''JABCZS01 sp013289085'' с BWOrgControl_Nextera43_MAG1 (GCA_013289085.1)
**** ''JABCZS01 sp013289605'' с BWOrgControl_Nextera69_MAG3 (GCA_013289605.1)

* …
----
ᵀ – Типусарт

Die Identifizierung der binären Kandidatennamen ''Ca.'' Azoamicus/Azosocius spp. с ювелирными изделиями (OHIO1/OHIO2/HAIN) можно использовать номер BioSample-Zugriffsnummer (SAM…).

Wie zu erkennen, wurden etliche Stämme bzw. Изолировать/Sequenzen herkömmlich der Familie Franciscocellaceae in der Gammaproteobacterien-Ordnung Thiotrichales (NCBI) или Francesellales (Speth ''et al.'', 2024) zugeordnet, zählen nach Speth ''et al.'' (2024) и GTDB Абер Цюр neuen Ordnung und Familie.

== «Candidatus» Azoamicus ciliaticola — это эндосимбиотическая бактерия семейства «Ca.» Azoamicaceae.
Sie zeichnet sich ihre Fähigkeit auszeichnen, in thehrem Ciliaten-Wirt также в анаэробной Gewässern Denitrifikation zu betreiben.
Sie wurde aus dem Zugersee in der Schweiz isoliert und 2021 beschrieben.

«''Ca.'' Azoamicus ciliaticola“ является обязательным эндосимбионтом, анаэробным Süßwasser-Wimpertierchens aus der Klasse (Biologie)|Klasse Plagiopylea.
Dieses Bakterium enthält ein stark reduziertes Genom mit 0,29 Basenpaar|Mbp (Megabasenpaaren), wobei ein erheblicher Teil davon der Energieproduktion gewidmet ist.
«Ка. Azoamicus ciliaticola содержит полный набор генов денитрификации, что делает его первым наблюдаемым облигатным эндосимбионтом с таким метаболическим путем.
Обширный генетический потенциал энергетического метаболизма позволяет предположить, что основная функция эндосимбионта — генерировать аденозинтрифосфат (АТФ) и делать его доступным для своего инфузорного хозяина.
«Прибл.» Таким образом, Azoamicus ciliaticola выполняет функции, аналогичные митохондриям, хотя между ним и бактериальной линией митохондрий нет никакой связи.
Когда его обнаружили в 2021 году, возник вопрос, используют ли другие эукариоты бактерии (или археи) для передачи электронов неканоническим акцепторам электронов, таким как . в случае денитрификации.
Первоначально это привело к открытию дополнительных бактериальных эндосимбионтов инфузорий, родственных Ca. Azoamicus ciliaticola, и, таким образом, к характеристике семейства Ca. Azoamicaceae.< бр />
== «Прибл.» Azosocius aquiferis и его инфузорные хозяева были идентифицированы методом метагеномики в пробах подземных вод Хайниха. Интересно, что в отличие от первого обнаруженного вида Ca. Azoamicus ciliaticola из бескислородной зоны озера Цуг (который контролирует только анаэробное дыхание, т.е. денитрификацию), этот вид кодирует терминальную оксидазу (цитохром с-оксидазу cbb 3 псевдоним COX).
Этот фермент позволяет им дышать как кислородом, так и азотом.

== Примечания ==


* Бенджамин Томпсон, Ник Петрич Хоу: [https://www.nature.com/articles/d41586-021-00570-6 COVID, 2020 год и год потерянных исследований]. Подкаст о природе ( * Уильям Х. Льюис, Тайс Дж. Г. Эттема | Тайс Дж. Г. Эттема: «Микробный брак, подобный митохондриальной эволюции». В: «Природа», том 591, 3 марта 2021 г., стр. 375–376;


GTDB: [https://gtdb.ecogenomic.org/tree?r=o__UBA6186 o__UBA6186].


LPSN: [https://lpsn.dsmz.de/genus/azoamicus Род «''Candidatus'' Azoamicus»].


Национальный центр биотехнологической информации | Браузер таксономии NCBI: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/B ... 1&srchmode =1&разблокировать кандидата Azoamicaceae], Подробности: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Info&id=3119552 «Candidatus Azoamicaceae» Speth et al. 2023]


Национальный центр биотехнологической информации | Биопроект NCBI: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA1073475 PRJNA1073475]. Геномы респираторных эндосимбионтов извлечены из образцов подземных вод.


Национальный центр биотехнологической информации | Биопроект NCBI: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJEB27314 PRJEB27314]. Последовательность генома инфузорного эндосимбионта Ca. Azoamicus ciliaticola.


Национальный центр биотехнологической информации | Нуклеотиды NCBI: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/256858899, клон озера Павин eub62A3]. Доступ: GQ390243].


Национальный центр биотехнологической информации | Нуклеотиды NCBI: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ab930564 Некультивируемая бактерия ... клон: Fei_12Nov90m_29]. Доступ: AB930564.


Национальный центр биотехнологической информации | Нуклеотиды NCBI: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/ab930564 Некультивируемая бактерия ... клон: Fei_12Dec90m_86]. Доступ: AB930693.


Национальный центр биотехнологической информации | Нуклеотиды NCBI: [https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/kx172462 Некультивируемый клон бактерий EzyYy290…]. Доступ: KX172462.


[https://www.гидро.uni-jena.de/72/hcze Исследование критической зоны Хайнича]. Йенский университет имени Фридриха Шиллера, факультет химических наук о Земле, кафедра гидрогеологии.


[https://gold.jgi.doe.gov/analysis_project?id=Ga00116204 Идентификатор проекта анализа GOLD: Ga0116204]. Идентификатор заявки IMG: 94481. Объединенный институт генома, Министерство энергетики США (gold.jgi.doe.gov).





* [https://mpi-bremen.de/en/New-form-of-symbiosis-discovered.html Обнаружена новая форма симбиоза]. Включено: Институт морской микробиологии Макса Планка (MPI-MM) с 3 марта 2021 г. ( ** [https://mpi-bremen.de/Neue-Form-der-Symbiose-entdeckt.html Обнаружена новая форма симбиоза].


* Препринт на bioRxiv от 19 февраля 2024 г.; doi:10.1101/2024.02.19.580942.
** [https://www.eurekalert.org/news-releases/1067572?language=german Больше, чем просто кислород: разнообразие и метаболизм глобальных эндосимбионтов].
* [https://mpi-bremen.de/en/Oxygen-is-not-the-limit-Diversity-and-metabolic-potential-of-globally-distributed-endosymbionts.html Кислород i​ это не предел: Разнообразие и метаболический потенциал глобально распространенных эндосимбионтов]. Включено: Институт морской микробиологии Макса Планка (MPI-MM) с 9 декабря 2024 г. ( ** [https://mpi-bremen.de/Mehr-als-nur-Sauerstoff-Vielfalt-und-Stoffwechsel-globaler-Endosymbionten.html Больше, чем просто кислород: разнообразие и метаболизм глобальных эндосимбионтов].


Карл-Эрик Вегнер, Михаэль Гаспар, Патриция Гисинк, Мартина Херрманн, Манья Марц, Кирстен Кюзель: «Биогеохимические режимы в неглубоких водоносных горизонтах отражают метаболическое [url=viewtopic.php?t=31193]взаимодействие[/url] элементов азота, серы и углерода». В книге «Прикладные и экологические аспекты». Микробиология», том 85, №5, 20 февраля 2019 г.;


Категория:Гаммапротеобактерии
Категория:Гаммапротеобактерии

Подробнее: [url]https://de.wikipedia.org/wiki/Azoamicaceae[/url]